重庆中国药科大学创新研究院是由中国药科大学和重庆两江新区管理委员会共同创办的事业单位，于2020年9月4日注册成立，位于重庆市两江新区。研究院采取“1+X”的组织架构，即1个研究院+多个平台、基地、中心的建设模式，下设新药研究中心、实验动物中心、高端制剂研究中心、药物分析检测中心、结构药理学平台、技术转移及产业孵化中心6大技术平台，形成以药物研发、技术服务、产业孵化、人才培养为核心业务的高端研发机构。